补发工资时计算个人所得税的办法:将已发工资与补发的工资数进行平均,计算出每月的工资,之后将实际发放当月的工资总额(包括补发的工资)作为应税收入额,按照百分之三至百分之四十五的超额累进税率来计税。
法律依据:
《《中华人民共和国个人所得税法》》第二条
下列各项个人所得,应当缴纳个人所得税:
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(九)偶然所得。
《《中华人民共和国个人所得税法》》第三条
个人所得税的税率:
(一)综合所得,适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率;
(二)经营所得,适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率;
(三)利息、股息、红利所得,财产租赁所得,财产转让所得和偶然所得,适用比例税率,税率为百分之二十。
《《中华人民共和国个人所得税法》》第六条
应纳税所得额的计算:
(一)居民个人的综合所得,以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额,为应纳税所得额。